古代の新王

ダルトンに捕らえられたマール達。
大空を駆ける黒い翼から脱出するために、マール達は知恵を出し合うが……？

古代　黒鳥号

出現モンスター: サイト／ダルトン部隊／バイト
出現ボス: マスターゴーレム／ダルトンR

飛行能力がついたシルバードで黒鳥号を破壊する。古代にも平和が訪れた。
そしてマールは、消えたクロノを探すことを決意する。

残された村の広場

広場の人々に話しかけると、北の岬に１人見知らぬ人がいるという。

古代　北の岬

北の岬に行くとそこには魔王の姿があった。
魔王はクロノが死んだことを弱さのせいだと冷たく言い放つ。
反論するマール、カエル。そして魔王城での決着は……

戦わない: 魔王が仲間になる。
戦う（パーティーにカエルがいる）: 魔王とカエルの一騎打ち。勝つと魔王は死んでしまう。
戦う（パーティーにカエルがいない）: 魔王とパーティーの戦い。勝つと魔王は死んでしまう。

魔王は、時の賢者ならクロノを生き返らせる方法を知っているかもしれないと言う。
だが時の賢者は、幼き日にジャキの目の前でゲートへと吸い込まれたきりの人だ。